Музей Булгакова - первый и единственный в Российской Федерации официальный государственный музей, посвящённый жизни и творчеству Михаила Афанасьевича Булгакова. 26 марта 2007 года в квартире № 50 Правительством города Москвы Распоряжением № 514-РП учреждён первый в России музей М. А. Булгакова. Первый московский адрес писателя — Большая Садовая, дом 10, квартира 50 — стал первым мемориальным музеем М. А. Булгакова в Москве и России. Осенью 1921 года, приехав в Москву, писатель с супругой Татьяной Лаппа поселился здесь, заняв комнату в коммунальной квартире. В «нехорошей квартире» по ночам, до переезда летом 1924-го, Михаил Булгаков писал свои первые московские произведения. Сам образ коммунальной квартиры № 50 стал неотъемлемой частью его творчества: «Псалом», «Самогонное озеро», «№ 13. — Дом Эльпит-Рабкоммуна» «Зойкина квартира», «Мастер и Маргарита» — произведения малой и крупной прозы, запечатлевшие дом и его обитателей.

В 1990 году создаётся фонд Михаила Булгакова, основная цель которого — открытие квартиры № 50 для посетителей. Знаменитая «нехорошая квартира» становится музеем, где сохранена атмосфера места, бывшего и общежитием Высших женских курсов до революции, и классической коммуналкой, и мифической «нехорошей квартирой» в пространстве знаменитого романа.
Музей Булгакова является точкой соприкосновения трех знаковых эпох российской реальности: постсоветской современности, эпохи «советского прошлого» (быт и культура), эпохи дооктябрьской России. Он создан на основе подаренных Москве коллекций, которые принадлежали племянницам М. А. Булгакова — Е. А. Земской и В. М. Светлаевой, а также В. Ф. Дименко, президенту международного представительства благотворительного фонда имени М. А. Булгакова. В 2010 году коллекция музея пополнилась предметами мебели и вещами из последней квартиры писателя в Нащокинском переулке, 3/5, поступившими от К. Л. Тарасевича (сына близкого знакомого Е. С. Булгаковой Л. К. Тарасевича).
Первым директором музея была Инна Омаровна Мишина. В мае 2012 года её пятилетний контракт не был продлён.
15 июня 2012 стартовал открытый конкурс на концепцию развития музея Михаила Булгакова. 8 октября 2012 были подведены его итоги. 19 апреля 2013 года студия итальянского архитектора Габриеле Филиппини, победившая в конкурсе, представила свой обновлённый проект.
В апреле 2013 года директором музея Булгакова стал Пётр Мансилья-Круз, бывший главный редактор журнала «Афиша-Мир». В работе над развитием музея Булгакова участвует бывший главный редактор журнала «Большой город» Филипп Дзядко.